O verdadeiro líder da Akatsuki mostrado recentemente no mangá (ao contrário de muitos entendimentos errados) foi Pain, sendo que o mentor por trás da organização foi Madara Uchiha, que foi um dos fundadores da organização, junto de Yahiko. Essa organização tem por meta a coleta de todos os bijuus, criaturas compostas unicamente de Chakra. Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a fuga de Orochimaru da organização,e a captura de Hidan, e também pelas mortes de Kakuzu, Deidara, Itachi Uchiha,Kisame Hoshigake, Konan, Nagato e Sasori sendo este último substituído por Tobi.

Cada membro da Akatsuki possui uma bandana (額当て hitaiate?, lit. valor atribuído) de seu vilarejo de origem com um risco transversal feito para simbolizar a deserção e o ódio por sua vila natal, um anel identificando suas posições na organização, um chapéu de palha e uma roupa negra decorada com nuvens vermelhas (simbolizando a chuva de sangue da 3°guerra). Cada anel possui um símbolo diferente: 臨, 兵, 闘, 者, 皆, 陳, 裂, 在, 前.

Quando os integrantes saem à campo, trabalham em duplas, geralmente coletando informações e novos Jutsus, mas seu objetivo primário é a captura dos bijuus e hospedeiros, os ditos jinchuurikis. O bijuu possui tanto chakra e poder que o processo de extração é fatal para seu hospedeiro: os integrantes da Akatsuki se reúnem, seja por meio de projeção astral, feita pelo Jutsu Gentoshin no Jutsu, ou pela presença real no local; posicionam-se e executam uma técnica surpreendente, o Genryuu Kyuu Fuujin; com essa técnica o chakra do bijuu é extraído de seu Jinchuuriki e armazenado para uso posterior da organização.
O anel dos integrantes da Akatsuki, um dos símbolos da organização, não pode ser retirado da mão enquanto o portador estiver vivo. Os anéis já existiam antes da organização, e são parte dos requisitos para se tornar um membro. Além de ter que possuir a joia, o aspirante também deve ser notavelmente forte e habilidoso. O décimo (10º) membro ainda não foi substituído oficialmente, visto que o anel de Orochimaru não está sob a guarda da Akatsuki.

Atualmente a Equipe Taka (Falcão) se aliou a Akatsuki, para que assim consigam realizar suas metas, que em muito se cruzam. Porém Suigetsu, Karin, Juugo e Sasuke Uchiha não são oficialmente membros, já que não possuem os anéis.
Um dos supostos líderes (Madara Uchiha/Tobi), após vencer Konan, recebe o poder do Rin'negan, que segundo ele, já pertencia a ele desde o começo e adquiriu uma nova máscara com 3 furos tendo no seu olho esquerdo o poderoso Rin'negan e de seu lado direito o Sharingan.

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